Nedávna metagenomická štúdia odhalila pozoruhodne rozmanité spektrum vírusov a baktérií prenášaných hlodavcami v provincii Chej-lung-ťiang, vrátane vírusu Lassa, vírusu Amur, Salmonely a Yersinia pestis.
Výskum využilSúprava na obohatenie patogénnej RNA od Macro & Micro-Test, založená na technológii zachytávania sond. Selektívnym odstránením hostiteľskej rRNA a iných konzervovaných hostiteľských fragmentov táto metóda účinne zachovala mikrobiálnu RNA, čím sa výrazne zlepšila citlivosť detekcie patogénov. Tento krok obohatenia patogénnej RNA bol kľúčový pre dosiahnutie vysokej miery detekcie a poskytol silnú technickú podporu pre sledovanie patogénov.
Hlodavce: Kľúčové rezervoáre zoonotických chorôb
Hlodavce sú druhovo najbohatšou a najrozšírenejšou skupinou cicavcov, zahŕňajú viac ako 2 000 druhov na celom svete a predstavujú viac ako 40 % všetkých druhov cicavcov.
Okrem svojho ekologického významu slúžia hlodavce ako hlavné rezervoáre a prenášače mnohých zoonotických patogénov.Keďže biotopy hlodavcov sa často prekrývajú s ľudským prostredím – priamym uhryznutím, kontaktom s výkalmi alebo nepriamym prenosom prostredníctvom bĺch a roztočov – patogény, ktoré ukrývajú, predstavujú pretrvávajúce hrozby pre verejné zdravie.
Je pozoruhodné, že viac ako 70 % nových infekčných chorôb pochádza z voľne žijúcich živočíchov, pričom hlodavce predstavujú jeden z najvýznamnejších vírusových rezervoárov.
Pohraničný región Heilongjiang: Prvá línia pre dohľad nad patogénmi
Chej-lung-ťiang, pohraničná provincia v severovýchodnej Číne, disponuje bohatými ekologickými zdrojmi a susedí s viacerými krajinami. Kombinácia bohatej biodiverzity a častého cezhraničného pohybu obyvateľstva vytvára priaznivé podmienky pre prenos patogénov.
Medzi júnom a júlom 2021 výskumníci zozbierali 67 divých hlodavcov z mesta Hengdaohezi v okrese Mudanjiang. Vzorky zahŕňali:
20. l.Polostrov Apodemus
l 47Myodes rufocanus
Všetky exempláre boli odchytené v obytných oblastiach a okolitých poľnohospodárskych pôdach, čo zdôrazňuje úzke prepojenie medzi ľudskými sídlami a biotopmi voľne žijúcich živočíchov.
Technológia obohatenia patogénov: Prekonanie rušenia pozadia hostiteľa
V metagenomickom sekvenovaní typicky dominuje hostiteľská RNA v sekvenčných čítaniach, čím maskuje signály patogénov s nízkou abundanciou.
Na riešenie tejto výzvy sa v štúdii použiliSúprava na detekciu metagenomických patogénov od spoločnosti Macro & Micro-Test. Pomocou technológie zachytávania sond sa špecificky navrhnuté sondy viažu na hostiteľskú rRNA a konzervované sekvencie, čo umožňuje ich depléciu a tým obohacuje mikrobiálnu RNA.
Tento prístup podstatne zlepšil citlivosť detekcie patogénov, čo umožnilo následné sekvenovanie získať vyšší podiel údajov o patogénoch. Krok obohatenia položil pevný základ pre presnú charakterizáciu spektra patogénov prenášaných hlodavcami.
Po obohatení boli vzorky RNA podrobené reverznej transkripcii, konštrukcii knižnice a vysokokapacitnému sekvenovaniu. Bioinformatická analýza zahŕňala:
Filtrovanie hostiteľského genómu
l Taxonomická klasifikácia pomocou Kraken2
Korekcia abundancie pomocou Brackena
Tento pracovný postup vygeneroval komplexný profil vírusových a bakteriálnych spoločenstiev.
Zistenia výskumu: Kocirkulácia viacerých vírusov a baktérií
Vírusové nálezy
Zistené vírusy patrili do 21 vírusových čeľadí vrátaneArenaviridaeaHantaviridae.
Cezde novoZostavením pomocou Megahitu bolo vygenerovaných 154 vírusových kontigov, z ktorých 110 zodpovedalo 19 vírusom z ôsmich čeľadí.
In Polostrov Apodemus, boli identifikované nasledujúce vírusy:
l Arenavírusy: vírus Lassa, vírus Wenzhou, vírus Gairo
l Hantavírusy: vírus Amur, vírus Puumala
In Myodes rufocanusBoli zistené arterivírus potkanov a vírus Amur.
Medzi tieto patogény patria:
Vírus Lassa je pôvodcom vírusovej hemoragickej horúčky, pričom úmrtnosť dosahuje približne 20 %.
l Vírus Amur je jedným z patogénov zodpovedných za hemoragickú horúčku s renálnym syndrómom (HFRS). Čína hlási najvyššiu celosvetovú záťaž infekcií hantavírusom.
Bakteriálne nálezy
Celkovo bolo anotovaných 1 051 bakteriálnych rodov.
Najpočetnejšie rody boli:
lSalmonela(26 – 31 %)
lYersínia(11 – 23 %)
Salmonelaje hlavný patogén prenášaný potravinami, ktorý je zodpovedný za odhadovaných 9 miliónov prípadov týfusu a približne 110 000 úmrtí ročne na celom svete.
Yersinia pestis, pôvodca moru, bol zodpovedný za tri historické pandémie. Provincia Chej-lung-ťiang je považovaná za jedno z prírodných ohnísk moru v Číne a zostáva prioritným regiónom pre sledovanie moru.
Význam štúdie
Vedecké príspevky
Táto štúdia predstavuje prvú správu o fragmentoch vírusu Lassa a víruse arteritídy potkanov u hlodavcov z provincie Chej-lung-ťiang, čím sa rozširuje čínska databáza patogénov prenášaných hlodavcami.
Systematicky charakterizuje vírusové a bakteriálne spoločenstvá v miestnych populáciách hlodavcov a poskytuje základné údaje pre dohľad nad zoonózami v pohraničných oblastiach.
Dôsledky pre verejné zdravie
Zistenia zdôrazňujú potrebu neustáleho sledovania a skríningu patogénovA. peninsulaeaM. rufocanus.
Údaje poskytujú vedecké dôkazy podporujúce stratégie kontroly zdrojov chorôb, ako je mor a hemoragická horúčka s renálnym syndrómom.
Metodologické silné stránky
Metagenomické sekvenovanie umožňuje nestrannú detekciu známych aj nových patogénov.
V tejto štúdii technológia obohacovania patogénov od spoločnosti Macro & Micro-Test preukázala silný výkon a efektívne zlepšila detekciu cieľových patogénov v komplexných biologických vzorkách. Výsledky potvrdzujú jej schopnosť podporovať vysoko citlivú identifikáciu patogénov pri monitorovaní voľne žijúcich živočíchov.
Odporúčanie produktu
Na základe úspešného použitia v tejto štúdii sa súprava na obohatenie patogénnej RNA Macro & Micro-Test dôrazne odporúča pre výskum metagenomického dohľadu.
Vďaka efektívnemu odstraňovaniu nukleových kyselín hostiteľa a obohateniu mikrobiálnych sekvencií táto súprava výrazne zlepšuje citlivosť detekcie a kvalitu údajov. Predstavuje základný nástroj na presné objavenie patogénov v komplexných vzorkách a poskytuje robustnú technickú podporu pre dohľad nad verejným zdravím, hodnotenie rizika zoonóz a pripravenosť na ohniská nákazy.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Čas uverejnenia: 2. marca 2026