Nová zbraň na diagnostiku tuberkulózy a detekciu rezistencie na lieky: Nová generácia zameraná na sekvenovanie (TNG) kombinované so strojovým učením na diagnostiku precitlivenosti na tuberkulózu precitlivenosti
Správa o literatúre: CCA: Diagnostický model založený na TNG a strojovom učení, ktorý je vhodný pre ľudí s menšou bakteriálnou tuberkulózou a tuberkulóznou meningitídou.
Názov práce: Sekvenovanie novej generácie a strojové učenie o tuberkulóznej úrovni: Ultra citlivá diagnostická stratégia pre paucifickú pľúcnu rúrky a tubulárnu meningitídu.
Periodické: 《Clinica Chimica Acta》
Ak ： 6.5
Dátum uverejnenia: január 2024
V kombinácii s University of Chinese Academy of Sciences a Peking hrudník v nemocnici Capital Medical University, makro a mikrotest stanovil model diagnostiky tuberkulózy založený na novej generácii cieleného sekvencovania (TNGS) technológie a metódy strojového učenia, ktorý poskytoval ultra-vysoký Citlivosť detekcie tuberkulózy s niekoľkými baktériami a tuberkulóznou meningitídou poskytla novú metódu diagnostiky precitlivenosti na klinickú diagnostiku dvoch typov tuberkulóza a pomohla presnej diagnostike, detekcii rezistencie na liečivo a liečbou tuberkulózy. Zároveň sa zistilo, že plazmatická cfDNA pacienta sa môže použiť ako vhodný typ vzorky na klinické odber vzoriek pri diagnostike TBM.
V tejto štúdii sa na vytvorenie dvoch klinických kohortov použilo 227 vzoriek v plazme a vzorky mozgovej menách, v ktorých sa použili laboratórne diagnostické vzorky kohorty na overenie stanoveného modelu strojového učenia diagnostik Diagnostický model. Všetky vzorky boli najprv zacielené špeciálne navrhnutým cieľom zachytenej sondy pre Mycobacterium tuberculosis. Potom, na základe údajov o sekvenovaní TB-TNGS, sa model rozhodovacieho stromu používa na vykonanie 5-násobnej krížovej validácie na výcvikových a validačných súboroch laboratórnej diagnostickej fronty a získanie diagnostických prahov vzoriek plazmy a vzoriek mozgovej mriežky. Získaný prah sa privádza do dvoch testovacích súborov frontu klinickej diagnostiky na detekciu a diagnostický výkon žiaka sa hodnotí krivkou ROC. Nakoniec sa získal diagnostický model tuberkulózy.
Obr. 1 Schematický diagram výskumu dizajnu
Výsledky: Podľa špecifických prahov vzorky CSF DNA (AUC = 0,974) a vzorky cfDNA v plazme (AUC = 0,908) stanovená v tejto štúdii bola citlivosť vzorky CSF 97,01%, medzi 227 vzorkami, 95,65% Citlivosť a špecifickosť vzorky plazmy boli 82,61% a 86,36%. V analýze 44 párových vzoriek plazmatickej cfDNA a DNA mozgomieznej tekutiny od pacientov s TBM má diagnostická stratégia tejto štúdie vysokú konzistenciu 90,91% (40/44) v plazmatickej CFDNA a DNA s mozgomiešnou tekutinou a citlivosť je 95,45% (42/44). U detí s pľúcnou tuberkulózou je diagnostická stratégia tejto štúdie citlivejšia na vzorky plazmy ako výsledky detekcie Xpert detekcie vzoriek žalúdočnej šťavy od tých istých pacientov (28,57% oproti 15,38%).
Obr. 2 Analýza výkonnosť modelu diagnostiky tuberkulózy pre vzorky populácie
Obr. 3 Diagnostické výsledky párových vzoriek
Záver: V tejto štúdii bola stanovená hypersenzitívna diagnostická metóda tuberkulózy, ktorá môže poskytnúť diagnostický nástroj s najvyššou detekčnou citlivosťou pre klinických pacientov s oligobacilárnou tuberkulózou (negatívna kultúra). Detekcia hypersenzitívnej tuberkulózy založenej na plazmatickej cfDNA môže byť vhodným typom vzorky na diagnostiku aktívnej tuberkulózy a tuberkulóznej meningitídy (vzorky plazmy sa ľahšie zbierajú ako mozgospinálna tekutina u pacientov podozrivých z tuberkulózy mozgu).
Originálny odkaz: https://www.sCiCedirect.com/science/article/pii/S0009898123004990? cez%3diHub
Stručné zavedenie detekčných produktov série makro a mikrotest tuberkulózy
Vzhľadom na komplikovanú situáciu vzorky u pacientov s tuberkulózou a rôzne potreby poskytuje makro a mikrotest kompletný súbor roztokov NGS pre extrakciu skvapalnenia zo vzoriek spúta, konštrukciu a sekvenovanie knižnice Qualcomm a analýza údajov. Produkty pokrývajú rýchlu diagnózu pacientov s tuberkulózou, detekciu tuberkulózy rezistencie na lieky, typizáciu tuberkulózy mykobacterium a NTM, hypersenzitívnu diagnostiku baktérií negatívnej tuberkulózy a tuberkulóznych ľudí atď.
Súpravy sériovej detekcie pre tuberkulózu a mykobaktérie:
| Položka č. | názov produktu | Obsah testovania produktov | vzorový typ | uplatniteľný model |
| HWTS-3012 | Uvoľňovacia látka | Používa sa pri skvapalnení vzoriek vzoriek spúta, získala prvotriedne rekordné číslo, zariadenie Sutong Machinery Equipment 20230047. | spúta | |
| HWTS-NGS-P00021 | Súprava na detekciu množstva Qualcomm pre hypersenzitívnu tuberkulózu (metóda zachytenia sondy) | Neinvazívna (tekutá biopsia) detekcia precitlivenosti na baktérie negatívnu pľúcnu tuberkulózu a mozgové uzliny; Vzorky ľudí podozrivých z infikovaných tuberkulózou alebo non-tuberkulózou mykobaktérie sa analyzovali pomocou vysoko hĺbkových sekvenčných metagenomík a infikovali sa informácie o informácii o liekových liekoch s prvou líniou a infikované informácie o informácii o liekových drogách v prvej línii a infikované informácie o liekových liečivách MYBERCULOSELOS boli poskytnuté. | Periférna krv, alveolárna výplachová tekutina, hydrotorax a ascites, vzorka vpichu zaostrenia, mozgovomiechovom moku. | Druhá generácia |
| HWTS-NGS-T001 | Tyskovanie mykobaktéria a detekcia liekovej rezistencie (Metóda multiplexnej amplifikácie sekvencovania) | Test typizácie Mycobacterium, vrátane MTBC a 187 ntm；Detekcia rezistencie na liek Mycobacterium tuberculosis pokrýva 13 liekov a 16 jadrových miest génov rezistencie na lieky. | Spúta, alveolárna výplachová tekutina, hydrotorax a ascites, Focus Puncture Vzorka, mozgovomiechovom moku. | Duálna platforma druhej/tretej generácie |
Hlavné prvky: HWTS-NGS-T001 MYCOBACTERIU TYPING A DETECTION DETECTION KIT (MUITLEX AMPIFIFIKÁCIA)
Úvod produktu
Produkt je založený na hlavných liekoch prvej a druhej línie opísaných v pokynoch liečby WHO TB, makrolidmi a aminoglykozidmi bežne používanými v pokynoch liečby NTM a miesta rezistencie na lieky pokrývajú celú jednu skupinu miest súvisiacich s liekovou liekovou WHO Mycobacterium Tuberculosis Complex Mutácia katalógu, ako aj ďalšie hlásené gény rezistencie na liečivo a miesta mutácií podľa vyšetrovania a štatistiky vysokého skóre Literatúry doma iv zahraničí.
Identifikácia typu je založená na kmeňoch NTM zhrnutých v usmerneniach NTM uverejnených čínskym časopisom Tuberculosis a Dýchacích chorôb a konsenzu odborníkov. Navrhnuté písacie priméry môžu zosilniť, sekvenciu a anotovať viac ako 190 druhov NTM.
Prostredníctvom cielenej multiplexnej technológie amplifikácie PCR sa genotypovacie gény a gény Mycobakterium rezistentné na lieky amplifikovali multiplexným PCR a získala sa detegovaná kombinácia amplikónových génov, ktoré sa majú detegovať. Amplifikované produkty môžu byť skonštruované do vysoko výkonných knižníc sekvenovania druhej generácie alebo tretej generácie a všetky platformy druhej generácie a sekvenčných platforiem tretej generácie môžu byť podrobené vysoko hĺbkovému sekvencovaniu, aby sa získali sekvenčné informácie o cieľových génoch. V porovnaní so známymi mutáciami obsiahnutými v vstavanej referenčnej databáze (vrátane katalógu mutácie Mycobacterium tuberculosis Complex a jej vzťahu s rezistenciou na liečivo) sa stanovili mutácie súvisiace s liekovou rezistenciou alebo náchylnosťou liekov proti tuberkulóze. V kombinácii so samostatným roztokom ošetrenia vzorky spúta makro a mikrotest sa vyriešil problém s nízkou účinnosťou amplifikácie nukleovej kyseliny vo vzorkách klinického spúta (desaťkrát vyššia ako pri tradičných metódach), takže môže byť detekcia sekvenovania rezistencie na liečivo, aby bola detekcia sekvenovania rezistencie na liečivo priamo aplikované na vzorky klinického spúta.
Detekcia produktu
34gény súvisiace s liekom18anti-tuberkulóza liečivá a6Boli detegované lieky NTM, pokrývajúce297miesta rezistencie na lieky; Desať druhov mykobacterium tuberkulózy a viac ako190boli detegované druhy NTM.
Tabuľka 1: Informácie z 18+6 liekov+190+NTM
Produktová výhoda
Silná klinická adaptabilita: Vzorky spúta sa dajú priamo detegovať pomocou samolietkového činidla bez kultúry.
Experimentálna operácia je jednoduchá: prvé kolo operácie zosilnenia je jednoduché a konštrukcia knižnice je dokončená za 3 hodiny, čo zlepšuje efektívnosť práce.
Komplexné písanie a rezistencia na lieky: Pokrytie miest typu a liekov na rezistenciu na lieky MTB a NTM, ktoré sú kľúčovými bodmi klinického záujmu, presného detekcie typu a detekcie rezistencie na lieky, podporu softvéru na nezávislú analýzu a generovanie správ analýz jedným kliknutím.
Kompatibilita: Kompatibilita produktu, prispôsobenie sa bežným platformám ILM a MGI/ONT.
Špecifikácia produktu
| Kód produktu | názov produktu | Detekčná platforma | špecifikácie |
| HWTS-NGS-T001 | Typingová súprava Mycobacterium a súprava na detekciu liekov (metóda multiplexnej amplifikácie) | ONT 、 ILLUMINA 、 MGI 、 SALUS PRO | 16/96rxn |
Čas príspevku: január-23-2024